ตึกมหิดลบำเพ็ญเป็นอาคารสำคัญที่ใช้เป็นที่ทำการของมูลนิธิต่าง ๆ เช่น ศิริราชมูลนิธิ มูลนิธิรางวัลสมเด็จเจ้าฟ้ามหิดล และมูลนิธิโรคมะเร็ง ซึ่งศิริราชมูลนิธิได้รับบริจาคทรัพย์สินเพื่อดูแลรักษาผู้ป่วยด้อยโอกาส รวมถึงสนับสนุนการศึกษาของนักเรียนแพทย์ที่ขาดแคลนทุนทรัพย์ และการจัดหาเครื่องมือแพทย์ที่ทันสมัย
